随着因化粪池发生满溢的次数增多，市民想得到及时解决的心情也骤然加深。至此，社会上从事粪便清运队伍也应运而生。由于这些粪便清运队伍在从事作业时未进行从业资格审核许可，一开始就无法进行有效把关。造成这些粪便清运队伍在从事作业时，为了业务量，压低清运成本，无视法律、法规的规定方式进行清运和处置。调查得知，有的粪便装载车辆一路运载一路滴落，有的粪渣就就近散倒城市角落或倾倒城市江河里。使城市环境受到严重的二次污染。再者，因地面上外力造成强烈震动，使池体出现裂缝，造成粪便水渗漏地下，污染地下水源，及化粪池长期不清理造成排出污水严重超标等，会使城市环境受到二次污染。长时间不清理会引起爆炸。化粪池长期欠缺清理造成极大的危害。
无害化 有墙、有顶，厕坑及储粪池无渗漏，储粪池有盖，厕室清洁，无蝇蛆，基本无臭味，粪便及时清除。具有无害化处理设施的卫生厕所称无害化卫生厕所。 粪便无害化处理 是利用物理、化学或生物学的原理和方法以杀灭或去除粪便中的病原微生物、寄生虫卵和控制苍蝇孳生、消除恶臭、防止环境污染，同时还能保持粪便的肥效，处理后的粪便可以地应用于农业。
便器、盖板、清渣口、出粪口 便器一般可采用节水型便器。可以是坐便器也可以是蹲便器。格化粪池盖顶留有进粪口和清渣口，进粪口上安装便器，进粪管可采用内径为150mm的PVC塑料或其它管材，要尽量远离过粪口，并紧贴池壁，以减少水冲力对池内的扰动。在安装便器时可不用水泥固定死，进粪口也可作为清渣口。用防溅式直通便器和水封便器则不必下接进粪管第二池顶应密封，但也要留有清渣口，第三池盖顶留有出粪口，出粪口用盖密封。
利用粪液的浸泡和翻动化解粪块使其液化并截留粪渣于池底。厌氧发酵：化粪池的密闭厌氧环境，可以分解蛋白性有机物，并产生氨等物质，这些物质具有杀灭寄生虫卵及病菌的作用。 第二池 起进一步发酵、沉淀作用，与池相比，第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。 第三池 主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。