大部分净水器是采用阻筛过滤原理渐进式结构方式，由多级滤芯首尾串接而成，滤芯精密度由低到高依次排列，以实现多级滤芯分摊截留污物，从而减少滤芯堵塞和人工排污、拆洗的次数以及延长更换滤芯的周期。还有一种新的设计思路是应用分质流通原理自洁式结构方式，它的设计思想不再是提供尽可能多的空间用于藏污纳垢，而是采取分质原理，分离出一小部分洁净水，同时又尽可能让原水照常流通流动起来使污质随水流及时被带走，达到流水不腐。这样既得到了净化水，又不会或不容易在机内沉淀污物，避免形成二次污染和大大减轻滤芯损耗，水质更好更又节能低炭。

净水器结构不同，净水效果也不同。一般说，一级过滤净水器结构简单，其过滤能力有限，只能用作粗过滤使用，过滤的水加热烧开饮用一级过滤的净水器多数属于低档净水产品，每台售价在十几元至150元之间。

超滤纳滤膜净水器，有多级前置过滤和超滤膜组成，能截留绝大部分有、有害物质，是世界上分离、过滤效果为理想的直饮水净水装置，同时保留对人体有益的矿物质微量元素，再利用KDF和活性炭的优点有效抑制水中的、的滋生及去除异色、异味，确保过滤后的水能更健康的使用。而且产水量比较大，废水排放量小，这样在家庭厨房使用的时候就更快捷、方便，不用等较长的时间。属于大众化消费品，根据不同的要求每台售价在1000元至5000元不等。

当一种工艺难以去除水中有害物质时，采用二种或两种以上的工艺即为复合型。如活性炭吸附，紫外线、活性炭吸附，反渗透、活性炭吸附，微过滤（超过滤）、聚丙烯超细纤维，活恬炭、微过滤（超过滤）等。在复合型净水器中，膜技术复合净水器净水性能优良，特别在去除微生物（、藻类等）方面有比较显著的效果，其中一些品质优良的净水器出水可以直接生饮，得到了广大消费者的欢迎，已成为净水器当前发展的热点。