截留物沉积于滤芯内部，需要定期人工拆洗，以确保机器正常运作。另一类是更为先进的自洁式净水器，机内设计两条通道，增加了一条洗涤水通路，作为平常普通生活用水的洗涤水经过通路时对机内滤芯特别是膜滤芯的原水侧起到冲刷以达到自行清洁的作用，并利用开闭洗涤水的瞬间即头尾两段本来就流掉的水将截留的污物及时并快速的排出，此结构设计得合理，省去人工拆洗的麻烦，免除机构本身的再次污染，同时，又降低了能耗费用。

自洁式净水器不同于市面上所见到的自动排污净水器、电脑自动冲洗净水器和自动反冲洗净水器，前者是整机自洁，也就是说对机器内部的所有滤芯都有一定的自行清洁功能；后者仅对其中一个滤芯进行冲洗而非整机。通俗的讲，自洁式净水器相当于在管路上安了垃圾处理器，污物随时清理出去，不在机内停留。而传统非自洁式净水器等于在房间内搁置了多个垃圾桶，污物平常暂存于机内，故需要定期排污、拆洗和频繁更换滤芯。

大部分净水器是采用阻筛过滤原理渐进式结构方式，由多级滤芯首尾串接而成，滤芯精密度由低到高依次排列，以实现多级滤芯分摊截留污物，从而减少滤芯堵塞和人工排污、拆洗的次数以及延长更换滤芯的周期。还有一种新的设计思路是应用分质流通原理自洁式结构方式，它的设计思想不再是提供尽可能多的空间用于藏污纳垢，而是采取分质原理，分离出一小部分洁净水，同时又尽可能让原水照常流通流动起来使污质随水流及时被带走，达到流水不腐。这样既得到了净化水，又不会或不容易在机内沉淀污物，避免形成二次污染和大大减轻滤芯损耗，水质更好更又节能低炭。

复合烧结活性炭净水器，部分厂家生产的优质活性炭棒甚至可以按照NSF53标准过滤孢子孢囊，并有效保留水中的矿物质，无需使用微滤、超滤等额外的过滤介质。甚至某些型号的产品具备去除挥发性有机物污染物（VOC）、重金属 、有效过滤水中超过99.99%的致病，孢子包囊等微生物等指标的功能。根据性能的不同，售价在1000元至5000元不等。