医院建成于1921年，由洛克菲勒基金会创办。建院之初，就志在“建成亚洲的医学中心”。同时，北京协和医院是洛克菲勒基金会在海外单项拨款数目、时间延续长的慈善援助项目 [8] [16]
2019年12月，中国医学科学院在北京发布了《2018年度中国医院科技量值报告》，北京协和医院科技量值排名位列前3位。 [9]
2017年11月11日下午，复旦大学医院管理研究所正式发布了《2016年度中国医院排行榜》和《2016年度中国医院专科声誉排行榜》，北京协和医院名列榜首 [1] 。2020年4月，被列入北京市面向团体和个人提供新冠病毒核酸检测服务医疗机构名单。 [4]
2022年10月8日，北京协和医院缓和医学中心成立。
北京协和医院风湿免疫科是我国早成立风湿病学的专业科室之一，拥有多位全国知名的专家和教授。风湿免疫科是国家教委风湿病专业全国重点学科。风湿免疫科有一大批教授和知名医师活跃在医教研线，构成了风湿免疫科强大的团队，在国内外享有盛誉。
科室现已整体搬至协和医院西院区，有病区2层，床位68张；科内设有常规实验室和科研实验室，可以检测近百种自身抗体，为国内的自身抗体检测中心之一。出诊医师正副教授10余人，主治医师10余人，分别在西院区普通、特需和夜门诊出诊。为全国众多风湿免疫病和疑难重症患者解决疾苦。
肿瘤内科建立在协和内科深厚综合能力的基础之上。工作目标是充分利用协和扎实的内科功底，凭借协和多学科强劲的综合实力，为肿瘤患者提供更规范、更先进、更经济、更有效的。
肿瘤内科针对各种实体肿瘤（不包括妇科肿瘤），如肺癌、食道癌、胃癌、结直肠癌、肝癌、胰腺癌、淋巴瘤、乳腺癌、头颈部肿瘤、肾癌、黑色素瘤、男性生殖细胞肿瘤以及软组织肉瘤等开展以下方面的工作：
术后辅助化疗和晚期转移性肿瘤的化疗；生物和分子靶向等综合；与放疗科协作进行化疗和放疗的综合；与手术科室协作进行新辅助化疗(即术前辅助化疗)。