据医院官网2015年12月信息显示，医院设置165个临床、医技科室，233个护理单元，拥有8个国家重点学科、1个国家重点实验室、20个省部级及全军重点实验室、33个全军医学专科中心和研究所，形成了以综合诊疗为特色的13项专业优势。同时是全军重症监护示范基地和中华护理学会的培训基地。设有国际医学中心和健康医学中心，提供高端预防保健服务。医院年门急诊量490余万人，收容19.8万人，手术近9万例。
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在中心主任陈香美院士的领导下，建立了临床研究、项目支持、公共服务和交流推广等平台，建成具有国际规模的肾脏疾病临床信息数据库和生物样本资源库，联合全国500余家单位构建肾脏疾病临床协同研究网络，覆盖全国90%的地级市。针对我国主要疾病负担的IgA肾病、糖尿病肾病、老年肾脏病等常见慢性肾脏病以及急性肾损伤和尿毒症患者血液净化，从疾病危险因素、预警、诊断、和医疗质量改进多个层面，建立多中心、大样本、长期稳定随访的研究队列，组织开展大规模、多中心、高质量的临床诊疗研究，已成为临床新技术、药品器械研发与评价的创新基地，带动我国慢性肾病防治整体水平的提升。
2019年在科技部组织的首次绩效评估中，国家慢性肾病临床医学研究中心成绩为“”。
2019年7月由科技部、国家卫生健康委、军委后勤保障部和原食品药品监管总局正式批准依托解放军总医院第五医学中心成立国家感染性疾病临床医学研究中心。研究中心整合国内79家协作医院，针对慢性乙肝、慢性丙肝、艾滋病及其相关疾病等病种，建立病程涵盖临床各个阶段的大队列，同时建立标准化的生物样本库、临床诊疗信息库及的疾病发病追踪系统，形成涵盖重大感染性疾病及各个病程的资源平台，终建立我国规范的病毒性肝炎、艾滋病临床大数据及生物样本库整合平台，形成专业的管理团队，为建立符合我国人群特点的肝病、艾滋病诊疗体系提供重要战略性资源。